頭痛の種とは、悩みや心労の原因。「ひとり息子が頭痛の種でしてね」などと使うように、身近にいて常に迷惑をかけ続けている存在に対して使うことが多い。しかし、せいぜい「頭痛」程度の心労であるから、例文の親も決してぶち切れてこういうことを言っているのではなく、「出来の悪い息子だが愛情こめて世話してます」みたいな親バカな態度が言外に見て取れる。

「種（たね）」は植物の発芽のもととなるもの、いわば、植物の卵みたいなもの（比喩が適切かどうかの責任は持ちません）。「頭痛の種」は成長して頭痛という植物になる種ということで、ずいぶんのんきな話だが、この場合の「種」は、「手品のタネ」などと言うように、頭痛（心労）をすぐさま引き起こす原因という程度の意味と理解しておけばよい。（VP KAGAMI）